Nederbörden
De västra delarna av Laponia utsätts för Atlantens påverkan i högre grad och får ett mer maritimt klimat. Västliga havsvindar för in höga nederbördsmängder över Padjelanta och Sarek, vilket medför rikligt med regn och snö, stora snödjup och på sommaren kraftiga flöden i vattendragen. De fuktiga atlantvindarna pressas upp mot fjällmassiven i Sareks nationalpark, där vi får de högsta nederbördsmängderna i landet, 2000 mm/år. De östra delarna av fjällkedjan och skogslandet har ett betydligt mer kontinentalt klimat med varma somrar, kalla vintrar och låg nederbörd, c:a 500 mm/år i Jokkmokks samhälle. Ungefär hälften av årets nederbörd kommer som snö. Ibland kan dock ihållande östliga vindar föra mycket regn eller snö in mot fjällens östra delar och lägga de västra i regnskugga.

Temperaturen
Höjden över havet betyder ekologiskt mer än den breddgrad en plats ligger på. Sommartid sjunker temperaturen nästan 1 grad för varje 100 meter man stiger i nivå. Det betyder att det kan vara 15 grader kallare på Pårtetjåkkos topp än i Kvikkjokk 3 mil därifrån. Vegetationen förändras mycket snabbt om vi rör oss västerut i Jokkmokk, upp mot de höga fjällen, medan den inte förändras lika drastiskt när vi rör oss norrut i landet på samma höjd över havet. Årsmedeltemperaturen i t.ex. Vuollerimtrakten är c:a 0 oC medan den är -8 oC inne i Sarek. Vegetationsperiodens längd mäts som antal dagar per år med medeltemperatur över +5 oC. Inom Jokkmokks kommun varierar vegetationsperioden från 100 dagar i de västligaste delarna till 140 dagar i de östligaste delarna. Som jämförelse kan nämnas att Uppsala har 180 dagar och Malmö 210 dagar. Den kortare vegetationsperioden i fjällområdet kompenseras på många sätt genom den starka instrålningen under försommaren. Tillväxten hos alla växter är mycket snabb under juni månad på grund av sol dygnet runt. Midnattssolen syns i Laponia från 6 juni – 6 juli, med stora variationer beroende på var man står.

Vintertid kan det ofta råda en helt annan situation. Under klara dagar och nätter sjunker den kalla luften ned i dalgångarna medan topparna har högre temperatur. Denna inversion, omvända luftskiktning kan röra sig om tio graders skillnad eller mer mellan topp och dal. Vinterkylan i dalbottnarna påverkar vegetationen. Vi får ofta en omvänd trädgräns; längst nere i dalbottnen är det kalfjäll på grund av inversionen. Högre upp kommer fjällbjörkskog som sedan övergår i kalfjäll ännu högre upp. Nere i barrskogen kan man istället få en fjällbjörkskogsbård längst nere i dalbottnen på grund av kylan.