Laponia har totalt sett ett rikt djurliv med däggdjur och fåglar, eftersom området sträcker sig genom så skilda växtregioner. Tätheten av individer är däremot sällan hög. I olika naturtyper finner vi olika ryggradsdjur. Den lägre, ryggradslösa faunan är inte särskilt väl utforskad. Däggdjurs-, fågel- och fiskfaunan är mer känd. Många arter t.ex. ren, älg, dalripa, öring och harr företar långa vandringar mellan regioner inom Laponia. Andra, främst flyttfåglarna nyttjar området bara under barmarksperioden.
Några särskilt spektakulära arter förknippas med Laponiaområdet. De storvuxna älgar, som hör fjälldalarna till (särskilt Rapadalen) är kanske landets enda älgpopulation som lever under förhållanden där rovdjur och klimatiska förhållanden – inte jakt är det som begränsar populationen. Den starkt hotade fjällräven, har ett av landets kärnområden i Sarek och Padjelanta/Badjelánnda. Kungsörn, havsörn, jaktfalk och pilgrimsfalk har alla viktiga häckningsplatser inom Laponia. Även de fyra stora rovdjuren lever eller förekommer i världsarvsområdet. Knutet särskilt till de djupa och bördiga fjälldalarna (t.ex. Ráhpavuobme och Njoatsosvágge) och fjällranden finns en stabil björnpopulation som även fortsätter ned i barrskogen. Lodjuret har en liknande utbredning men med särskild knytning till fjällrandens branta bergssidor som är lämpliga yngelplatser. Järven har sin huvudförekomst mer i alpin miljö, men söker sig särskilt vintertid långt ned i skogslandet, ända till Muttos/Muddusområdet. Vargen har numera endast sporadisk förekomst i området. Men historiskt har området varit vargrikt.
Barrskogen (Muttos/Muddus, Sjávnja/Sjaunja och kanten av Sarek och Stuor Muorkke/Stora Sjöfallet)
Barrskogen, taigan är rik på arter. Här förekommer många fågelarter. Även mitt i vintern råder fågelaktivitet i skogen. Av rovfåglarna förekommer de hotade arterna pilgrimsfalk, havsörn och kungsörn som häckfåglar i Laponias skogsmarker. Ekorren och mården är de enda däggdjur som nästan helt är knutna till barrskogen.
Barrskogsmyrarna (Muttos/Muddus och Sjávnja/Sjaunja)
Myrarna i barrskogen har ett rikt och högljutt fågelliv i maj-juni. Lika livfulla som myrarna är i försommarljuset, lika stilla blir de mot högsommaren när vadarna vänt söderut. Till myrarna hör även sångsvanarna som bygger sina stora bon ute på gungflytuvorna.
Björkskogen (Sjávnja/Sjaunja, Stuor Muorkke/Stora Sjöfallet, Sarek och Badjelánnda /Padjelanta)
På vintern är dalripan karaktärsfågeln. Sommartid fylls björkskogen av flyttfåglar. De flesta däggdjur rör sig både i barrskog och björkskog. Björn, lo och järv är söker sig gärna till fjällkantens björkskogar och fjällskogar, liksom älg.
Kalfjället (Stuor Muorkke/Stora Sjöfallet, Sarek och Padjelanta/Badjelánnda)
De lägre fjällhedarna nyttjas av många arter. Karaktärsfåglarna är ljungpipare, lappsparv och fjällabb, som alla ger ljudlig röst åt försommarfjället. Dalriporna i videregionen avlöses på högre höjd av fjällripor. Kungsörn och fjällvråk jagar över hedarna, särskilt gnagarrika år. Kalfjället är renens sommarland. Fjällräv och fjällämmel är annars de enda däggdjur som praktiskt taget helt är knutna till kalfjället.
Fjällets sjöar och myrar
I sjöarna på kalfjället simmar alfåglar, bergänder, svärtor och sjöorrar. På fjället finns ofta stora myrar, t.ex. i Sjaunja och i Padjelanta. Där häckar många arktiska vadararter i den ljusa försommaren. Den idag mycket sällsynta fjällgåsen ses ännu i häckningsmiljö inne i Padjelanta.
Fjälltopparna (Stuor Muorkke/Stora Sjöfallet, Sarek och Padjelanta/Badjelánnda)
I de riktigt alpina delarna av våra fjäll, på de höga topparna finns inte många fågelarter. Den som allra mest hör hemma där är fjällripan, som vi finner året runt i de sterila blockmarkerna. Snösparven och stenskvättan lever också i blockmarkerna nära glaciärer och snöfläckar. Båda lämnar fjällen under vintern och drar söderut.